UNFPA Mali exécute un programme dont le volet santé comprend :   

La santé maternelle :  La santé maternelle désigne la santé des femmes durant la grossesse, la naissance et la période postnatale. 

La fistule Obstétricale : concerne la disponibilité des ressources humaines qualifiées, la mise à disposition d’équipements de prise en charge et le traitement des cas de fistule obstétricale notamment en campagnes groupées.

L’initiative de déploiement sages-femmes : Elle consiste à mettre des sages-femmes à la disposition des structures de santé au niveau communautaire pour rapprocher les soins de qualité aux femmes/filles, adolescents et jeunes.

Soins obstétricaux et néonataux d’urgence : Elle consiste à appuyer la mise en place et le fonctionnement du réseau des maternités SONU (ressources humaines, équipements, matériels, renforcement de capacités, ...) 

Planification Familiale et chaine d’approvisionnement : 

Planification Familiale : assurer l’approvisionnement du pays en produits contraceptifs, Kit SR, Kits dignité, mobiliser la contribution de l’Etat à l’achat de produits SR/PF au Mali dans le cadre du renforcement de la chaine d’approvisionnement en produits SR/PF pour matérialiser l’engagement du pays dans le cadre du partenariat UNFPA Supplies partnership) ; continuer la mise en œuvre des actions de Plaidoyer pour l’accroissement des fonds domestiques et la ligne budgétaire PF, suivre les engagements dans le cadre du COMPACT, réaliser des recherches/études sur les thématiques SR/PF